隱匿性陰莖的病因非常多,主要是先天性因素和后天性因素。先天性因素主要是兩個方面:1、陰莖內(nèi)膜發(fā)育異常,陰莖內(nèi)膜有很好的伸縮性,小孩陰莖內(nèi)膜增厚、增粗,可導(dǎo)致纖維索帶失去彈性,陰莖伸縮受限制;2、陰莖內(nèi)膜附著異常,陰莖內(nèi)膜附著于陰莖體前端或者陰莖頸,陰莖外觀可呈錐形,主要是由于懷孕早期保胎藥物的使用,如黃體酮、保胎中藥等。另外,接觸雌激素物質(zhì)也可導(dǎo)致。后天性因素比較常見的是包皮環(huán)切術(shù)后瘢痕性狹窄束縛陰莖,不能向前增長。另外比較常見的原因是肥胖,肥胖兒童恥骨前脂肪特別多,陰莖隱匿于脂肪下,造成陰莖外觀短小。