1.腸結(jié)核腸結(jié)核多繼發(fā)于開放性肺結(jié)核;病變主要涉及回盲部，有時(shí)累及鄰近結(jié)腸，但不呈節(jié)段性分布;瘺管及肛門直腸周圍病變少見;結(jié)核菌素試驗(yàn)陽性等有助于與克羅恩病鑒別。
對鑒別有困難者，建議先行診斷性抗結(jié)核治療。有手術(shù)適應(yīng)證者可行手術(shù)探查，病變腸段與腸系膜淋巴結(jié)病理組織學(xué)檢查發(fā)現(xiàn)干酪壞死性肉芽腫可獲確診。
2.小腸惡性淋巴瘤原發(fā)性小腸惡性淋巴瘤可較長時(shí)間內(nèi)局限在小腸，部分患者腫瘤可呈多灶性分布，此時(shí)與克羅恩病鑒別有一定困難。如X線檢查見小腸結(jié)腸同時(shí)受累、節(jié)段性分布、裂隙狀潰瘍、卵石征、瘺管形成等有利于克羅恩病診斷。必要時(shí)手術(shù)探查可獲病理確診。
3.急性闌尾炎腹瀉少見，常有轉(zhuǎn)移性右下腹痛，壓痛限于麥?zhǔn)宵c(diǎn)，血象白細(xì)胞計(jì)數(shù)增高更為顯著，可資鑒別，但有時(shí)需剖腹探查才能明確診斷。
4.其他如血吸蟲病、慢性細(xì)菌性痢疾、阿米巴腸炎、其他感染性腸炎(耶爾森桿菌、空腸彎曲菌、艱難梭狀芽孢桿菌等感染)、出血壞死性腸炎、缺血性腸炎、放射性腸炎、膠原性結(jié)腸炎、白塞病、大腸癌以及各種原因引起的腸梗阻，在鑒別診斷中亦需考慮。
