絕大多數(shù)的肛瘺經(jīng)手術(shù)治療以后均能夠痊愈,而且肛瘺也只有通過手術(shù)治療,才能完全治愈。但有少部分復雜性高位肛瘺,經(jīng)手術(shù)治療后,仍然會出現(xiàn)復發(fā),主要和手術(shù)醫(yī)生的手術(shù)經(jīng)驗,以及治療難度有直接的關(guān)系。導致復發(fā)的主要原因是遺漏了瘺管以及內(nèi)口的處理,或者肛瘺非常復雜,位置非常高,或者伴有其他原發(fā)性疾病。例如克羅恩病、潰瘍性結(jié)腸炎等等,而導致術(shù)后出現(xiàn)復發(fā)。極少部分的肛瘺經(jīng)過多次手術(shù)以后,仍然會復發(fā)的情況下,在臨床上一般就建議患者帶瘺生存,以免多次手術(shù)對肛門括約功能造成嚴重影響。