先天性肛門(mén)閉鎖發(fā)生的原因有以下幾個(gè)方面:第一,遺傳因素,目前國(guó)內(nèi)外所有專(zhuān)家學(xué)者研究后,認(rèn)為遺傳因素是先天性肛門(mén)閉鎖發(fā)病的首要因素,可能與父母或者祖父母一輩發(fā)生過(guò)此病有關(guān)。第二,胚胎發(fā)育異常、畸形,胚胎在發(fā)育過(guò)程中,大約4周~8周的這段時(shí)間,胚胎的尿生殖膈在逐漸向生殖腔的移行過(guò)程中,受到了阻攔,從而導(dǎo)致胚胎發(fā)育成型后肛門(mén)閉鎖,也會(huì)引起先天性肛門(mén)閉鎖。第三,母體受到污染,母體在孕期9周左右受到了放射性物質(zhì)等環(huán)境污染,胚胎發(fā)育中細(xì)胞發(fā)生了基因突變,導(dǎo)致出現(xiàn)了肛門(mén)閉鎖,又或者被病毒、細(xì)菌等感染,病原體經(jīng)過(guò)胎盤(pán)進(jìn)入胎兒體內(nèi),引起胎兒發(fā)育異常,直腸無(wú)法通過(guò)骨盆膈膜或肛門(mén)膈膜,從而出現(xiàn)先天性肛門(mén)閉鎖的情況。