早期的肛瘺有可能會肛門一直疼痛。部分肛瘺瘺管內(nèi)會有持續(xù)的感染,而感染會導(dǎo)致局部的疼痛癥狀。但大多數(shù)的肛瘺疼痛呈間歇性發(fā)作,也就是當(dāng)瘺管內(nèi)出現(xiàn)急性感染時(shí),患者會出現(xiàn)局部的腫痛癥狀,是由于瘺管內(nèi)膿液積聚所導(dǎo)致的,當(dāng)膿液積聚到一定程度,外口會破潰,膿液會經(jīng)外口流出,隨即疼痛癥狀即能緩解。當(dāng)下次瘺管內(nèi)感染時(shí),類似癥狀會再次出現(xiàn),如此反復(fù)發(fā)作,就是肛瘺的典型癥狀。如果外口無法破潰,膿液無法流出,就會出現(xiàn)類似于肛周膿腫的持續(xù)腫痛癥狀。